Las disposiciones papales que repartieron el continente americano entre las coronas de España y Portugal establecieron la unión de la Iglesia con el Estado, lo que en la práctica significaba que el rey poseía un conjunto de prerrogativas que se conocían con el real patronato.
La dictación de la Bula Inter Caetera en el año 1493 por el papa Alejandro VI implicaba para los monarcas la obligación de evangelizar a los pobladores autóctonos de los territorios conquistados; además, se incluían otro tipo de derechos como la posibilidad de postular candidatos para los cargos eclesiásticos más relevantes, como los obispos, los arzobispos y los canónigos de las iglesias. También se incluía entre las disposiciones papales para la Corona velar por el cumplimiento del paso regio o exequátur, lo que significaba la supervisión y censura de los textos impresos que desde España llegaban a América.
Un aspecto relevante de la Iglesia colonial en América y en Chile fue la existencia del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición. Este era un tribunal que se encargaba de juzgar a las acciones que supuestamente ponían en peligro a la fe cristiana. La Inquisición nació como consecuencia de la intención de los Reyes Católicos de unificar a España bajo la religión católica, en momentos en que estaba en pleno desarrollo el proceso de Reconquista española y la expulsión de los moros de la Península Ibérica. Por efecto de la Inquisición, los musulmanes y judíos que permanecieron en España fueron obligados a convertirse al catolicismo.
La Inquisición se caracterizó por emplear procedimientos judiciales secretos, a pesar de que los imputados contaban con defensa. Por lo general, este tribunal era acusado de utilizar la práctica de la tortura como medio para obligar a los procesados a confesar sus faltas. Este tribunal se estableció en territorio americano en el año 1569 y tuvo su sede en Lima; por esta situación, en Chile sólo existían los denominados comisarios del Santo Oficio, los que tenían como función iniciar las investigaciones contra los imputados y, posteriormente, enviaban los antecedentes recopilados al virreinato de Perú. Por otro lado, aunque este tribunal tenía la potestad de actuar sobre los cristianos y los recientemente convertidos, no poseía jurisdicción para acusar a los indígenas.
En el caso de Chile, en el plano administrativo, la jerarquía eclesiástica tuvo su primer obispado en la ciudad de Santiago en el año 1561; su primer obispo fue el clérigo Rodrigo González Marmolejo. Dos años después, en 1563, se instauró el obispado de La Imperial, aunque después del levantamiento mapuche de 1598 fue trasladado a Concepción.
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